Po útoku byl opět vyhlášen výjimečný stav.
Lidé nesměli po soumraku vycházet, zatčeno a popraveno bylo několik stovek příbuzných parašutistů a všech ostatních, kdo jim během operace pomáhali. Teror proti českému obyvatelstvu ještě zesílil. Kvůli podezření, že někteří obyvatelé vesnic Lidice a Ležáky mohli spolupracovat s parašutisty, byly tyto obce nemilosrdně vypáleny a obyvatelé vyvražděni. Těla parašutistů byla pitvaná a jejich hlavy uchovány, nacisté je plánovali vystavit v muzeu zločinu.
I když si zneškodnění Heydricha vyžádalo obrovské oběti, jedná se o nesmírně důležitý okamžik našich dějin, který dal světu najevo, že nesouhlasíme s nacistickou nadvládou. Velká Británie a Francie prohlásily Mnichovskou dohodu za neplatnou, a tak Československo mohlo po válce počítat s navrácením území Sudet.
„Útok na Heydricha je jednou z hvězdných událostí našich moderních dějin. Nejen díky našim vojákům, kteří i přes řadu komplikací splnili rozkaz, ale i díky nejméně 300 civilistům, kteří parašutistům pomohli bez nároku na odměnu a přes hrozbu smrti svojí a svých blízkých. Tyto lidi bychom si měli neustále připomínat,“ myslí si badatel Jiří Padevět.